Ein Transporterprotokoll ist ein Computerprogramm für die Transporter, um bestimmte Einstellungen durchzuführen.

Transporterprotokoll 5 ist ein Programm, das dafür sorgt, dass Personen, die auf ein Raumschiff oder eine Raumstation gebeamt werden, entwaffnet werden. Captain Sisko lässt eine Gruppe von Jem'Hadar durch Transporterprotokoll 5 beim Beamen auf die USS Defiant entwaffnen. (DS9: Die Abtrünnigen)