Subatomare Disruptoren sind starke Disruptoren, die im 29. Jahrhundert von Zeitschiffen der Sternenflotte wie der Aeon und der USS Relativity verwendet werden.

Sie zerreißen die subatomare Integrität von Materialien und wirken sich daher verheerend auf die strukturelle Integrität von Raumschiffen aus. Sobald diese Waffe abgefeuert wird, sieht der Gegner einen gelblich leuchtenden Wirbel auf sich zukommen.

Als die USS Voyager von der Aeon 2373 zerstört werden soll gelingt es ihr mit einer Modifikation des Hauptdeflektors einen Polaronimpuls auszusenden und so die Wirkung des Disruptors zu neutralisieren. (VOY: Vor dem Ende der Zukunft, Teil I)