Protomaterie ist eine instabile Materieform, über die nur wenig bekannt ist.

Sie wird unter anderem von den Talaxianern zur Energiegewinnung genutzt und ist in manchen Klasse-1-Nebeln zu finden. (VOY: Leben nach dem Tod)

Während des Genesis-Projekts wird sie verwendet und trägt zu dessen Scheitern bei, da diese Materie zu instabil ist, um auf Dauer zu bestehen. (Star Trek II: Der Zorn des Khan, Star Trek III: Auf der Suche nach Mr. Spock)

2370 wird Protomaterie von Professor Gideon Seyetik bei einem Versuch genutzt, die Sonne von Epsilon 119 wiederzubeleben. (DS9: Rätselhafte Fenna)

Ein Sprengsatz aus implosiver Protomaterie verursacht im selben Jahr die Zerstörung des cardassianischen Frachters Bok'Nor. (DS9: Der Maquis, Teil I)

Die Bombe, mit der ein Wechselbalg 2373 versucht den Zentralstern von Bajor in eine Supernova zu verwandeln, enthält neben Trilithium und Tekasite auch Protomaterie (DS9: Im Lichte des Infernos).