Der Protokolloffizier ist der Offizier an Bord eines Raumschiffs oder in einer anderen Einheit der Sternenflotte dessen Aufgabe es ist, die teilweise sehr komplexen Protokolle sowohl im Bezug auf diplomatische als auch auf interne Abläufe zu studieren und dann andere Personen gegebenenfalls darüber zu informieren und auf die Einhaltung der Protokolle zu achten.
So ist es zum Beispiel Aufgabe eines Protokolloffiziers den führenden Offizier einer Mission zum Erstkontakt oder auch jeden weiteren Kontakt mit einer fremden Spezies über die Sitten der Spezies zu informieren, damit es nicht zu diplomatischen Verwicklungen kommt. (ENT: Eine Nacht Krankenstation, Babel)
Außerdem informieren sie Zivilisten an Bord von Sternenflottenschiffen über die Verfahrensweisen an Bord um eine Behinderung des Betriebs auszuschließen. (ENT: Die Verbindung)
Oftmals ist der Posten des Protokolloffiziers nicht die einzige Aufgabe des betreffenden Offiziers, eher ist es die Regel, dass dieser ein Offizier mit einer verwandten Haupttätigkeit ist. An Bord der Enterprise (NX-01) ist beispielsweise Ensign Hoshi Sato der Protokolloffizier, die eigentlich als Kommunikationsoffizier und Übersetzerin tätig ist. (ENT: Die Verbindung) Auch Deanna Troi, eigentlich Counselor an Bord der USS Enterprise-D und -E, nimmt bei vielen Gelegenheiten die Aufgaben eines Protokolloffiziers wahr. (u.a. TNG: Darmok, Star Trek: Der Aufstand)