Nanosonden sind Naniten, also mikroskopisch kleine Roboter, die von den Borg eingesetzt werden, um fremde Lebensformen oder Technologien zu assimilieren.

Nach der Assimilation verbleiben die Nanosonden im Körper und reparieren auch beschädigtes Zellmaterial und Borg-Implantate, solange noch genügend biomechanische Energie vorhanden ist. (ENT: Regeneration)

Die Nanosonden greifen bei der Assimilation zuerst die Erythrozyten des Opfers an und übernehmen deren Funktionen sowie später auch die des gesamten Organismus. (VOY: Skorpion, Teil I)

Es gibt auch ganz bestimmte Spezies, die vollkommen immun gegen die Nanosonden sind. Hierzu zählt beispielsweise Spezies 8472. Da die Zellen dieser Wesen ein Immunsystem besitzen, das im Prinzip alle organismusfremden Objekte wie Viren, Bakterien und Naniten angreift, wird jeder Versuch einer Assimilation abgeblockt. (VOY: Skorpion, Teil I)

Andere Spezies sind zumindest widerstandsfähiger als andere, zum Beispiel können Denobulaner einer „Nanovireninfektion“ länger widerstehen als Menschen (ENT: Regeneration).

Der Doktor entwickelt eine modifizierte Form der Nanoviren, die zwar ebenfalls Spezies 8472 nicht assimilieren können, dafür aber in der Lage sind, das Zellmaterial der Spezies 8472 zu zerstören (VOY: Skorpion, Teil I).