Das Genesis-Projektil enthält Protomaterie und ist für die dritten Phase des Genesis-Projekts entworfen worden. Das Projektil wird auf einem toten Planeten zur Detonation gebracht, wobei die Protomaterie den Genesiseffekt bewirkt. Dabei wird tote Materie auf subatomarer Ebene zu lebenserzeugenden Ergebnissen umgewandelt: es bilden sich DNS-Stränge.

Die ersten zwei Phasen des Genesis-Projekts werden ohne Projektil durchgeführt, die dritte Phase jedoch wird von Khan Noonien Singh gestört, der die USS Reliant kapert und das Projektil an sich bringt. Die USS Enterprise unter James T. Kirk lässt dies nicht zu und schlägt Khan nach einem Kampf im Mutara-Nebel. Darauf zündet Khan das Projektil, um seinen Erzfeind Kirk zu töten. Er scheitert jedoch, da Spock sein Leben gibt, um die Enterprise aus der Gefahrenzone zu bringen (Star Trek II: Der Zorn des Khan).

Das Projektil explodiert und die Materie des Mutara-Nebels wird zu einem Planeten verdichtet, der kurz darauf zum Sperrgebiet erklärt wird. Dieser Planet ist jedoch wegen der instabilen Protomaterie nicht sehr lange lebenserhaltend und zerstört sich nach wenigen Monaten selbst (Star Trek III: Auf der Suche nach Mr. Spock).