Das FBI (kurz für Federal Bureau of Investigation) ist einer der Bundesregierung der USA unterstellte Polizei- und Geheimdienstbehörde.
1968 hält Roberta Lincoln den angeblichen Vertreter für Enzyklopädien Gary Seven zunächst für einen FBI-Agenten, als sie entdeckt, dass er nicht ist, was er vorgibt zu sein. Er gibt sich dann mit einem gefälschten Ausweis als CIA-Agent aus. (TOS: Ein Planet, genannt Erde)
1986 verhört ein FBI-Agent den nach einer Zeitreise mit der HMS Bounty in diesem Jahr befindlichen Pavel Chekov, weil dieser an Bord der USS Enterprise (CVN-65) aufgegriffen worden ist. Der FBI-Mann hält Chekov für einen russischen Spion. (Star Trek IV: Zurück in die Gegenwart)
1996 versucht das FBI ein Haus in Arizona, etwa 30 Kilometer nordöstlich von Phoenix zu stürmen, in dem sich eine Gruppe von bewaffneten Gegnern der Bundesregierung befindet. Das FBI möchte das Flugzeug
sicherstellen, das auf dem Gelände abgestürzt ist, dabei handelt es sich um ein von Commander Chakotay und Lieutenant Torres pilotiertes Shuttle der durch die Zeit transportieren USS Voyager. Zeitgleich treffen Lieutenant Tuvok und der Doktor ein, die die beiden Offiziere, die nach dem Absturz Gefangene der Militanten sind, befreien wollen. Die FBI-Agenten eröffnen das Feuer auf die beiden, Tuvok und der Doktor, der als mit einem autonomen Emitter ausgestattetes Hologramm zudem unempfindlich gegen Projektilwaffen ist, können jedoch mit ihren Phasern die FBI-Agenten überwältigen. (VOY: Vor dem Ende der Zukunft, Teil II)