Über die Kommandostruktur der Hirogen ist nicht viel bekannt. Sicher ist jedoch, dass der Alpha-Hirogen der Anführer einer Hirogen-Gemeinschaft ist. Den Rang kann damit teilweise mit dem Rang eines Captains in der Sternenflotte verglichen werden. Die Anzahl der Untergebenen kann allerdings unterschiedlich groß sein. Meistens sind Hirogen nur in Zweiergruppen unterwegs, es sind aber auch Schiffe mit sehr großen Besatzungen bekannt, die von einem Alpha angeführt werden. (VOY: Flaschenpost, Fleisch und Blut, Teil I)